1901年光绪二十六年，八国联军同清政府签订“辛丑条约”后。英国人自行将京奉铁路从永定门天坛延长至正阳门瓮城东侧，并在附近培植车站。在这期间他们改造了崇文门瓮城。
虽然1897年建筑的马家堡火车站已经离南城很近，但外国人还是以为到北京过于不不便，于是在1900年在永定门城门西侧城墙开豁口把铁路引入到了南城城墙内，并修建了天坛火车站；天坛当时是英国的兵营，火车站设在这里运输物资比较方便。
那时的天坛火车站非常简陋，险些没有配套建筑，只有一个水泥牌上面标注“天坛火车站”。天坛火车站虽然以及进入了北京城区，但间隔东郊民巷还是有一段间隔，仍让外国人感到未便利，于是再1901年再次改动
这次改动比较大，放弃了从永定门进入外城，而是在天坛东侧城墙处重新在城墙开豁口，从马家堡单独铺设铁轨，穿过天坛东侧的外城城墙豁口，
从南城东南角人烟稀少的地段通过，一贯绕到内城东南角楼，铁轨向西拐，跨过护城河，延城墙平行铺设直接通往崇文门瓮城。在瓮城俩侧开洞，铁路穿过瓮城，一贯到达终点，正阳门瓮城东侧。
由于当时的崇文门瓮城虽然箭楼被焚毁，但整体构造确没有缺失落；只有一个西闸楼供来往行人出入，但铺设铁道后，瓮城东侧城墙开洞，西侧闸楼扩大，于是崇文门瓮城就没有出口，只能在瓮城南侧破损的箭楼正中开一个南向的门洞作为出口，该出口模拟正阳门箭楼而建，冲破了北京内城城门瓮城只有正阳门有南出口的规制，从此内城城墙的防御功能被彻底冲破。英国人还在崇文门的设立铁道道口栏杆，设专人管理，避免行人滋扰火车运行。。
英国这样设计即避免了原有天坛铁轨向北延伸，穿过南城正阳门外的闹市，会碰着的诸多拆迁问题，又避免了在北京中轴线上直通地铁，毁坏国人对风水追求。而改动已经破碎的崇文门城楼，当时清政府又已经没有能力干涉了，紧邻城墙铺轨，让铁轨承直线，火车的行驶速率和铺轨施工都有保障。
后来为了进一步方便使馆区职员乘坐火车，在内城城墙水关处单开一行人出入的门，后来被人俗成为“水关门”；该门供外国人从正阳门火车站下车后进直接入使馆区，避免和百姓一样走正阳门瓮城进入内城，穿过拥挤的商业区。这样使东交民巷使馆区有了独立的门户，并且有了更便捷的出入办法。保障了使馆区物资和职员的运输。
这样1901年中旬，崇文门瓮城改造正式开始，几百年来作为皇权象征的北京内城城墙从此不再完全。
